Можно ли сделать консолидированный отчет по всем поддоменам?

Фразы поддоменов нужно выгружать отдельно. Проще всего это сделать через групповой отчёт.

Скачайте файл со списком поддоменов, скопируйте и вставьте в групповой отчёт.