Можно ли сделать отчет по всем поддоменам?

Фразы поддоменов нужно выгружать отдельно. Проще всего это сделать через Групповой отчёт.

Скачайте или скопируйте список поддоменов из Сводки по домену, затем вставьте их в групповой отчёт.